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El Lunes Santo 4 de Abril de 1977 la Cofradía de las Aguas sale desde la Iglesia de San Bartolomé y después de hacer puntual Estación de Penitencia a la Santa, Metropolitana y Patriarcal Iglesia Catedral de Sevilla se adentra en el Barrio del Arenal cruzando el Postigo del Aceite y entrando en una maltrecha Capilla de Nuestra Señora del Rosario. Obras posteriores adecentan el pequeño templo en el que inicia una nueva etapa la Corporación después del Decreto de Fusión de 12 de Diciembre de 1977.
En el destino de nuestra corporación tiene que venir grabado a fuego el carácter errante, ya que las obras de cimentación, en el anexo solar del acuartelamiento, para la realización del actual Teatro de la Maestranza, a finales de 1988, producen unas grietas en la cúpula y muros de la Capilla de Nuestra Señora del Rosario, que obligan a la Corporación a abandonar su sede canónica el 12 de Febrero de 1989 para refugiarse en la Parroquia del Sagrario.
Gracias a la Hermandad de la Cena, la Hermandad de las Aguas realizo su Estación de Penitencia durante estos años, hasta 1993, desde la Iglesia de los Terceros.
Ese mismo año de 1993 y ya desde la remozada Capilla, el 12 de Junio, sale la imagen del Santísimo Cristo de las Aguas para presidir el Acto de Clausura y la posterior Eucaristía de los Cursillos de Cristiandad con motivo de la I Ultreya Europea que se celebró en la Plaza de Toros de la Real Maestranza de Caballería de Sevilla.
En la Cuaresma de 2001 se celebra un Quinario Extraordinario en la Real Parroquia de Santa Ana con motivo del CCL Aniversario Fundacional de la Hermandad de las Aguas con las imágenes del Santísimo Cristo de las Aguas y Nuestra Madre y Señora del Mayor Dolor. El 11 de Marzo, como colofón a dichos actos, las Sagradas Imágenes procesionaron en su Paso de Misterio conformando un Stabat Mater, desde la Capilla de los Marineros de la Calle Pureza hasta la Capilla de Nuestra Señora del Rosario.
El Domingo 16 de Mayo de 2004 la Virgen de Guadalupe realizó un Rosario Público sobre andas con motivo del CL Aniversario del Dogma Concepcionista visitando el Monumento a la Inmaculada Concepción de la Plaza del Triunfo, celebrando Santa Misa en la Parroquia del Sagrario y visitando a la Virgen de los Reyes en la Capilla Real de la Capilla Real de la Catedral.
